Деревня Клюшниково упоминается в Отказных книгах Усожского стана Курского уезда с 1632 года. Первозаимщиками Клюшникова были однодворцы Руцкие, Евсюковы и Ненашевы. На плане генерального межевания Фатежского уезда 1785 года обозначена как часть деревни Жданово — «Клюшникова, Плотникова тож».
В XIX веке часть крестьян деревни были казёнными (однодворцы), часть — владельческими (принадлежали помещикам). К моменту отмены крепостного права в 1861 году местными крестьянами владели: жена коллежского регистратора Елизавета Маслова (14 душ мужского пола), майор Иван Кишкин (45 д.м.п.) и Константин Ключников (5 д.м.п.). Вероятно, от фамилии помещиков Ключниковых и произошло название деревни. В 1861—1924 годах деревня входила в состав Дмитриевской волости Фатежского уезда Курской губернии. В 1862 году в Клюшниково было 34 двора, проживало 417 человек (207 мужского пола и 207 женского). Население деревни было приписано к приходу Рождественского храма соседнего села Шахово. На карте Шуберта 1869 года Клюшниково обозначено вторым названием — Плотникова. По состоянию на 1883 год деревня состояла из 2-х общин, здесь проживало 405 человек.
В 1887 году крестьяне деревни, работая в поместье помещика Кишкина, обнаружили остатки глиняной посуды и несколько полустертых монет. Надеясь найти более ценные вещи, селяне разрыли землю вокруг находки и обнаружили три деревянные окаменевшие «колоды» с останками древних воинов. В захоронении лежали железные дротики, наконечники стрел, металлические части колчанов, монеты, кинжалы и глиняная посуда. По мнению фатежского исправника Юркевича, в выдолбленных гробах лежали останки славянских воинов-женщин. Украшения на кожаной одежде, характер причесок, строение костей, размер оружия однозначно говорили о найденном женском захоронении. Возможно, обнаруженные останки являются погребением сарматских женщин-воинов.
В 1900 году в Клюшниково проживало 442 человека (225 мужского пола и 217 женского)[12], а в 1905 году — 407 (213 мужского пола и 194 женского).
В советское время деревня вместе с остальными населёнными пунктами Нижнеждановского сельсовета входила в состав Фатежского района. В 1937 году в Клюшниково было 35 дворов. Во время Великой Отечественной войны, с октября 1941 года по февраль 1943 года, находилась в зоне немецко-фашистской оккупации. В декабре 1991 года деревня вместе с Нижнеждановским сельсоветом была передана в состав Железногорского района. В 2017 году, с упразднением Нижнеждановского сельсовета, была передана в Линецкий сельсовет.
