Возникла как часть села Радубеж, известного с XVII века. Топоним Понизовка был зафиксирован в составе села Радубеж в ходе переписи населения 1897 года.
Получила статус самостоятельного населённого пункта в 1954 году при разделе Радубежа на несколько деревень и хуторов. В 1954—1959 годах деревня входила в состав Нижнехалчанского сельсовета Фатежского района. С 1959 года в составе Линецкого сельсовета. С начала 1960-х годов крестьянские хозяйства Понизовки числились в Линецком колхозе «Россия». До 1990-х годов это хозяйство было самым крупным в Фатежском районе.
В декабре 1991 года, вместе с Линецким сельсоветом, Понизовка была передана из Фатежского района в Железногорский район. В 2014 году в деревне было 8 дворов: 6 с постоянным проживанием и 2 с временным.
